La película comienza con la fuga de un extraño y poderoso extraterrestre llamado Boris el animal. Es el último superviviente de la raza alienígena boglodita, que sobrevive mediante el ataque, toma, y ocupación de otros planetas habitados. Boris es un asesino, que fue capturado por el agente K y encarcelado en una prisión secreta en la Luna. K también pudo desplegar un sistema de defensa (denominado "Arca Net"), y evitar una invasión boglodita, logrando así su extinción. Sin embargo, Boris logra burlar la seguridad y destruir gran parte de la cárcel, para escapar y vengarse de K.
Amazing Grace — Eric Rigler & Bill Garden Orchestra
I'm An Old Cowhand (From The Rio Grande) — Roy Rogers
Toccata - Carpimus Noctem — Trans-Siberian Orchestra
Love Is Strange — The K Group
2000 Light Years from Home — The Rolling Stones
Pictures of Matchstick Men — Status Quo
Andy Warhol - La Fábrica
I'm Waiting for the Man — The Velvet Underground
A Summer Song — Chad & Jeremy
Baseball Stomp — Adam Blau
Happy Birthday To You — Adam Blau
Empire State of Mind (feat. Alicia Keys) — Jay-Z & Alicia Keys
Back in Time (featured in Men in Black III) — Pitbull
Theo's Dream — Karen Hua Qi Han Ottosson
Men In Black 3 (Main Titles) — Danny Elfman
Spiky Bulba — Danny Elfman
The Set-Up — Danny Elfman
Headquarters — Danny Elfman
Big Trouble — Danny Elfman
Out On a Limb — Danny Elfman
Bad Fortune — Danny Elfman
Forget Me Not — Danny Elfman
Goin' Back or Into the Past — Danny Elfman
Griffin Steps Up — Danny Elfman
True Story — Danny Elfman
Boris Meets Boris — Danny Elfman
The Prize-Monocycles — Danny Elfman
Under the Bridge — Danny Elfman
The Mission Begins — Danny Elfman
Mission Accomplished — Danny Elfman
A Close One — Danny Elfman
Men In Black 3 (Main Title Revisited) — Danny Elfman