El pasado de Jason Bourne vuelve por él. En la segunda entrega de la saga de tres películas basadas en la vida de Jason Bourne, un ex agente de la CIA que pierde la memoria y mientras lucha por recuperarla y lograr saber quién es en realidad, se ve involucrado en una red de espionaje y manipulación de gobiernos por parte de los Estados Unidos donde será perseguido por asesinos profesionales, mercenarios paramilitares, y ex compañeros de la CIA.La película comienza en Goa, India, donde Jason y Marie se han ido a vivir para esconderse de Treadstone, pero allí un antiguo agente de la compañía les localiza y persigue. Jason Bourne comienza su aventura para descubrir su pasado recordando parte de este, y persiguiendo al agente, que además se está haciendo pasar por él.
Goa — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Imágenes de una misión de Treadstone - el mismo que ocurre 'sueño'. Marie mira a través del diario de Jason con notas de su 'sueño'
The Drop — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Pamela Landy (nueva jefa de la CIA) supervisa una operación. Sale mal cuando Kirill mata a los agentes de Landy y enmarca a Bourne
Funeral Pyre — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Marie es asesinada por lo que Bourne quema todas sus fotos y cualquier cosa que pueda estar vinculada a ella. Deja Goa
Gathering Data — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Landy profundiza en los archivos de Treadstone desde la computadora de Conklin mientras mira los archivos de Jason Bourne
Nach Deutschland — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Landy recoge a Nicky para ayudarla. Nicky le dice a Pam Landy que "no cometen errores", indicando que Bourne sabe lo que está haciendo
To The Roof — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Bourne llega a Berlín, viendo a Landy desde su hotel y la sigue a una reunión y la llama. Landy le pregunta a Bourne por qué mató a sus agentes. Él lo niega y le pregunta por Treadstone.
New Memories — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Mientras Bourne se sube a Moscú, piensa en Marie y en lo que ella dijo: "siempre tienes una opción".
Berlin Foot Chase — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Bourne sube un uilding para alejarse de la policía. La policía lo encuentra en un metro, y la persecución comienza de nuevo.
Alexander Platz/Abbotts Confesses — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Landy consigue que Nicky se encuentre con Bourne en Alexanderplatz. Bourne le dice a Nicky que se suba a un tranvía. Bourne graba a Abbot mientras confiesa que consiguió que la gente matara a Bourne (pero en realidad mataron a Marie)
Moscow Wind Up — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
A Kirill se le dice que Bourne no está muerto. Bourne va a buscar en un apartamento. Kirill ve a Bourne y le dispara una bala en el hombro. Después de que la policía dejó ir a Kirill, sigue a Bourne a un centro comercial
Bim Bam Smash (From "The Bourne Supremacy") — John Powell
La policía persigue a Bourne que ha robado un taxi. Kirill comanda un coche para persue Bourne
Atonement — John Powell & Pete Anthony & The Hollywood Studio Symphony
Bourne se disculpa con Irena Neski por matar a sus padres. Explica que fueron sus primeras víctimas como asesino de Treadstone
Extreme Ways — Moby & Richard Hall
La canción comienza después de que Bourne dice 'Deberías descansar un poco, Pam. Te ves cansado'. (Al final de la película y en los créditos)