Shinji Ikari es convocado por su padre Gendo, jefe de la organización NERV a quien no ve desde hace diez años. Mientras espera a que vayan a buscarlo, es testigo del ataque de un monstruo gigante, a quien más tarde se la daría el nombre del Ángel Sachiel. Misato Katsuragi lo rescata, no sin antes llevarse un buen susto mientras escapan a toda velocidad en su auto. En la base de operaciones de NERV, se entera de los verdaderos motivos de su padre: pretender pilotar una unidad de combate llamada EVA-01 y enfrentarse al monstruo que azota la ciudad. Shinji se niega a hacerlo, al ver que su padre sólo quiere utilizarlo. Ante la situación, Gendo ordena a una niña que se encuentra allí a prepararse y salir a pelear nuevamente, aún teniendo en cuenta que se encuentra gravemente herida. Este acto de crueldad hace cambiar de parecer a Shin