A partir de la incorporación del S2, el EVA-01 tiene autonomía, pero como Shinji sobrepasó el 400% de sincronización, fue absorbido por la unidad, como le sucedió a su madre años atrás. Comienza el plan de rescate, y cuando quedan pocas esperanzas, el núcleo S2 se activa y Shinji cae al suelo desnudo. Su madre lo ha salvado otra vez, y Misato lo abraza mientras llora como si fuera su propio hijo, poco después Misato va con Kaji y se pasan toda la noche teniendo relaciones sexuales, también durante esos momento, Kaji le entrega a Misato un chip en forma de cápsula con toda la información que él tiene sobre NERV, para que ella continue su investigación.
Aún no se han agregado bandas sonoras al programa.