El General Jack O'Neill y Richard Woolsey son capturados por los Asurans durante el ataque a la ciudad, por lo que Sheppard, Weir, Beckett, y McKay desobedecen órdenes y regresan a la Galaxia Pegaso reclutando a Teyla y a Ronon para retomar Atlantis, sin destruirla en el proceso.
Aún no se han agregado bandas sonoras al programa.