Sheppard regresa a Atlantis pero el cruce del agujero con una llamarada solar, lo lleva unos 48000 años en el futuro. Allí lo espera el holograma de un anciano Rodney McKay, quien le dice que lo va a ayudar a regresar, además de contarle las cosas que pasaron después de su desaparición. Como Michael se convirtió en el dueño de la galaxia Pegasus destruyendo a espectros y humanos por igual. También creando nuevos híbridos, lo que influenció cosas en Atlantis, como la muerte de varios miembros de la expedición. Tras la decisión de la Tierra de no ayudar a otras galaxias, Rodney ideó un plan que podría evitar dicho futuro. Pero Sheppard necesitará 700 años para volver, aunque el Sol será una supernova en tan solo 500.
Aún no se han agregado bandas sonoras al programa.